1、制药废水中污染物之间与水体中的物质发生化学反应，产生新的污染。如果随意排放，水溶解氧过低会导致其中的好氧生物的死亡，进而引起水体恶臭，污染水环境。
2、制药产品及合成中间体具有杀菌、抑菌的物质。这些物质排入水体后会杀死细菌藻类，严重冲击原有的生态系统，影响水体的自净功能。
3、制药废水中有些物质无法在水中降解，残留的高浓度物质会破坏生态生物链，潜移默化的影响人类的身体健康。
制药工业废水虽然因产品、原料、工艺方法的不同而水质各异，其废水中有机污染物含量高、毒性物质多、难生物降解物质多、含盐量高，是一种乌海很大的工业废水，随意排放会对环境造成危害。
